במסגרת התנגדות לבקשת פטנט אשר הוגשה על ידי ביוסנס אינק. נגד אלביט מערכות, נתבקש רשם הפטנטים להכריע את גורלן של בקשות לרישום פטנטים אשר הוגשו בקשר עם צנתר ומתקן כיול ומדידה המנטר את פעילותו. אגב דיונו בבקשות, בחן רשם הפטנטים את עניינה של תכנת מחשב ואופן ההגנה עליה מבחינת דיני הקניין הרוחני בישראל.
רשם הפטנטים אזכר החלטת בית משפט מוקדמת אשר קבעה כי אמצאה שעיקרה חישובים או תוכנה אינן כשירה לרישום כפטנט, וכי מאחר והתהליכים שבחובה של אותה תכנה או חישוב הנם הליכים הדומים להליכי החשיבה האנושית, ומאחר ובשל כך אין הם מתאימים להגנת הפטנט, הגנה עליהם תימצא במסגרת דיני זכויות היוצרים - קרי – שאופן כתיבת התוכנה ודרך "ניסוחה" יוגן כשם שמוגנת כל יצירה ספרותית אחרת. ואכן, חוק זכות יוצרים החדש אשר נחקק בישראל, כולל ברשימת היצירות הספרותיות שלו, גם תוכנות מחשב.
רשם הפטנטים עמד על ההבדל בין דיני הפטנטים ובין דיני זכויות היוצרים. דיני הפטנטים באים להגן על אופן מימוש הרעיון ומעודדים את גילויו למתחריו של בעל הפנט, על מנת לסייע בקידום רעיונות אמצאתיים על ידי אותם מתחרים, ובכך לקיים את אינטרס החברה בהתקדמות טכנולוגית והמצאתית, ובתמורה מעניקים לו מונופול גורף על שיטתו אך לתקופה קצרה יחסית של 20 שנה. מאידך, דיני זכויות יוצרים חלים תקופה ארוכה של 70 שנים לאחר מות היוצר, אך מקנים בלעדיות רק על אופן ביטוי היצירה המוגנת ומותירים את הרעיונות שעומדים מאחורי היצירה חשופים לכל. הרשם הדגיש כי בשל היקף ההגנה הנרחב שנותנים דיני הפטנטים, לרבות על הרעיונות העולים מן התוכנה, ואשר בעולם התוכנה גם היקף הזמן של 20 שנה הוא כנצח, אין מקום להגן על תוכנות במסגרת דיני הפטנטים אלא כחלק מעולם התוכן כיצירה בדיני זכויות יוצרים.
לאחר מכן עבר רשם הפטנטים לבחון את פטנטביליות של תכנת מחשב על פי דיני הפטנטים עצמם, קרי על פי חוק הפטנטים עצמו ופרשנותו התכליתית. על פי פרשנות זו על מנת שאמצאה תהיה ראויה להרשם כפטנט עליה להיות מוצר או תהליך בתחום טכנולוגי, חדשה, מועילה, ניתנת לשימוש תעשייתי ובעלת התקדמות אמצאתית.
לגבי התהליך או המוצר מציין הרשם כי אלו הם אלמנטים "חומריים" ואינם מתחום התוכן, ואילו תוכנה היא על פי שמה מתחום התוכן והיא ואופן כתיבתה מוגנים על ידי זכויות היוצרים ככל יצירה ספרותית. ברי, כי רצונו של המבקש פטנט על תכנה אינו למנוע את העתקת התכנה עצמה על ידי אחרים, דבר אשר מוגן בזכויות יוצרים, אלא להגן על הרעיון העומד בבסיס התוכנה ולמנוע כתיבת תוכנה אחרת אשר תשרת את אותו הרעיון. לפיכך, כל אימת שמתבקש רישום פטנט על תוכנה, כורך בקשתו בתהליך טכנולוגי כלשהו, אפליקציה או תוצר תעשייתי על מנת להיכנס לגדר האמצאה.
הרשם הדגיש כי בעוד ניתן לעיתים לראות שילוב של תכנה עם חומרה כאמצאה חדשנית, הרי שעצם השימוש במחשב לביצוע פעולות אשר אחרת היו מבוצעות ידנית (מחשוב) ואפילו יהיה זה מחשב ייעודי בעל מאפייניים ספציפיים, אין בו התקדמות אמצאתית אם כל פעולתו היא חישוב שניתן היה לעשות ידנית או אף על גבי מחשב נפרד מן המוצר. כבוד הרשם גורס כי הדרך לבחון פטנטביליות של תוכנה הוא ניטרול רכיב המחשב מן השיטה. יש לבדוק האם תוצר הפעולה המבוצעת או השיטה היו פטנטביליים אף ללא השימוש במחשב.
לפיכך, תוכנה, אשר כל תרומתה למוצר מסוים, היא חישוב מידע, אשר ניתן היה לעשות באופן רציונלי במוח האנושי, אין בה התקדמות אמצאתית אשר מזכה ברישום כפטנט ועל הממציא יהיה להראות התקדמויות אמצאתיות אשר קיימות בתהליך או במוצר שהוא מציג, גם לולא היה נעשה השימוש במחשב.